Ob omembi besede Alcatraz mnogi najprej pomislijo na čas gangsterjev, Al Caponea in zloglasni ameriški zvezni zapor, vendar se je zgodovina otoka začela že leta 1775, ko je španski raziskovalec Juan Manuel de Ayala zaplul v zaliv San Francisca in odkril kamniti otok sredi zaliva, katerega je poimenoval La isla de los Alcatraces, Otok pelikanov saj so na njem gnezdili številni rjavi pelikani.
Po zmagi nad Mehičani in zavzetju Kalifornije, je Ameriška vojska Alcatraz prepoznala kot otok strateškega pomena. V 50. letih 19. stoletja se na otoku prične gradnja utrdbe, katero je vojska končala leta 1859, leta 1854 pa je na otoku tudi zasvetil prvi svetilnik na Zahodni obali Amerike.
Zaradi strateške lege je Alcatraz služil kot obrambna točka za ubranitev zaliva pred sovražnimi ladjami. Med Ameriško državljansko vojno (1861 – 1865) je utrdba na otoku veljala za največjo ameriško trdnjavo zahodno od reke Mississippi.
V začetku 20. stoletja, leta 1907 vojska z otoka odstrani topove in drugo težko orožje ter ga preoblikuje v vojaški zapor. Vojaški zaporniki tudi zgradijo večino danes prisotnih stavb na otoku. Vojaški zapor na otoku je ukinjen leta 1934, poslopja zapora pa vojska preda Zaporniškemu biroju, ter tako Alcatrazu nadene funkcijo zveznega zapora. Alcatraz je bil prvi maksimalno varovan zvezni zapor, v katerem so imeli zaporniki minimalne pravice. Veljal je tudi za najbolj varovan zapor v sistemu. Čeprav je Alcatraz kot zvezni zapor sistemu služil zgolj 29 let pa je danes najbolj poznan v svetu ravno po tej funkciji. Zvezni zapor je leta 1963 zaradi naraščajočih stroškov obratovanja in vzdrževanja ukinil Robert Kennedy. Zadnji zapornik je na celino premeščen 21. marca 1963.
V času delovanja zveznega zapora na otoku je bilo tam zaprtih 1576 zapornikov, v zaporu je delovalo 90 paznikov, vodili pa so ga 4 direktorji. Čeprav je bilo skozi zgodovino zabeleženih kar 14 pobegov pa oblasti do danes zanikajo kakršen koli uspešen pobeg iz zapora.
Šest let kasneje, v novembru 1969 na otok prispejo indijanski aktivisti in ga razglasijo za indijansko ozemlje. Na otok se pričnejo seliti indijanske družine, ki promovirajo idejo, da bi otok postal Center za ameriško indijansko kulturo. Vendar že leto in pol kasneje oblasti otok priključijo Golden Gate nacionalnemu parku in ga leta 1972 odprejo za javnost. Alcatraz tako danes privablja turiste z vseh koncev, letno pa ga obišče skoraj 1,5 milijona obiskovalcev.
V času indijanske okupacije je bilo v požaru uničenih nekaj zgradb na otoku, med njimi tudi direktorjeva hiša, saj so v času delovanja zveznega zapora na otoku prebivale tudi družine paznikov in direktorja. Obstoječe stavbe pa najeda tudi sol v zraku, ki povzroča njihovo propadanje.
Na otoku danes zopet lahko opazimo številna gnezdišča ptic, čeprav prvotni rjavi pelikani, po katerih je otok tudi dobil prvotno ime niso prisotni. Oblasti so dele otoka rezervirale kot območja za ptice, vstop za turiste pa je na te dele otoka prepovedan.
Sebastjan J